Meski sekian lama menjadi bagian dari masa pemerintahan Soeharto dan menganggap Soeharto adalah guru sekaligus bapaknya, namun gaya kepemimpinan Habibie jauh bertolak belakang dengan orang yang dihormatinya itu. Muladi, mantan Menteri Kehakiman di era Orde Baru menuturkan, sidang kabinet yang dipimpin Soeharto selalu berlangsung dalam suasana mencekam.
Para menteri takut angkat tangan mengajukan diri untuk bicara. Sementara di zaman Habibie, para menteri justru berebut mengacungkan jari. Muladi menggambarkan, susana sidang kabinet seperti sebuah seminar: riuh, panas, kadang gebrak-gebrak meja seperti mau kelahi.
Habibie sendiri yang merangsang suasana seperti itu karena dia memang senang berdebat. Semakin didebat ia semakin bersemangat. Karena semua menteri boleh bicara dan perdebatan dibuka seluas-luasnya sebelum diambil keputusan, sidang kabinet bisa berlangsung sampai larut malam.
Habibie, menurut adalah seorang extrovert. Gaya komunikasinya penuh spontanitas, meletup-letup, cepat bereaksi, tanpa mau memikirkan risikonya. Tatkala Habibie dalam situasi penuh emosional, ia cenderung bertindak atau mengambil keputusan secara cepat. Seolah ia kehilangan kesabaran untuk menurunkan amarahnya. Bertindak cepat, rupanya, salah satu solusi untuk menurunkan tensinya.
Karakteristik ini diilustrasikan dengan kisah lepasnya Timor Timur dari Indonesia.
Semua orang terkejut, terutama Almarhum Ali Alatas yang kala itu menjabat sebagai Menteri Luar Negeri, ketika Habibie tiba-tiba mengumumkan kepada dunia internasional tentang pemberian opsi kepada rakyat Timor Timur : tetap bergabung dengan Indonesia atau melepaskan diri sebagai negara merdeka.
Biang keladi dari keputusan besar ini adalah sepucuk surat Perdana Menteri Astralia kala itu, John Howard, yang ditujukan pada Habibie pada Desember 1998. Menurut penuturan Juwono Soedarsono, Habibie marah membaca isi surat Howard yang meminta Indonesia mempertimbangkan hak politik rakyat Timor Timur untuk menyatakan penentuan nasib sendiri.
Habibie merasa surat itu seperti tantangan sekaligus kritik terhadap pemerintah Indonesia. Karena Habibie mempunyai tabiat tidak mau kalah dengan siapapun maka tantangan itupun secara spontan dijawab.
